Que ça soit la confrérie musulmane de la Sanûsiyya, le sultanat du Ouaddaï ou avant eux Rabat, la pénétration française dans les régions du Tchad ne s’est pas faite sans résistance. Ainsi, le 23 juin 1913, le gouverneur général Martial Merlin obtient des moyens nécessaires pour la conquête du Borkou, une des régions qui formait avec l’Ennedi et le Tibesti, le grand nord du Tchad.
Le français Martial Merlin, qui a été à plusieurs reprises Gouverneur général par intérim en AOF (Afrique Occidentale Française), est désigné en 1908 gouverneur de l’AEF (Afrique Equatoriale Française) dont faisait partie le Tchad. C’est pourquoi, face aux résistances, il décide de doter les soldats français des moyens militaires nécessaires pour la conquête du Borkou.
Le renforcement en armes permet aux Français d’entamer la conquête avec beaucoup plus d’énergie. Ainsi, à partir de novembre 1913, des violents combats opposèrent des troupes françaises aux forces sanûsi réfugiées dans la zâwiya d’Aïn Galaka, place forte de la confrérie en pays tchadien.
Dans un document intitulé « Violences Coloniales Et Résistance Au Tchad (1900-1960) », Debos Marielle rappelle qu’une colonne française de 766 hommes (33 Européens, 407 tirailleurs et 326 auxiliaires divers) attaque la zâwiya fortifiée. Les soldats pénètrent par l’une des brèches creusées par l’artillerie. La conquête de la ville, maison par maison, est lente et meurtrière. Les pertes sont faibles du côté de la colonne française : 16 tués, dont 3 Français, et 25 blessés, dont 4 Français. Du côté sanûsi, les pertes sont plus difficiles à chiffrer. Jean-Louis Triaud estime que seul un tiers des environ deux cents combattants survit ».
A en croire Debos Marielle, les pertes totales sont estimées à 160 environ. Le colonel Largeau qui conduit les troupes françaises écrit : « Nous avions trente-sept hommes hors de combat dont six Européens.
Debos rappelle que, l’ennemi avait laissé sur le terrain quatre-vingt-dix cadavres ».
En décembre 1913, les zâwiya sanûsi de Faya, Gouro, puis d’Ounianga Kabir et Ounianga Sakher sont conquises par les Français. Faya est transformée en poste militaire.