Des chercheurs de l’Université d’État de Saint-Pétersbourg poursuivent leur combat contre l’infection à coronavirus. Ils proposent de nouveaux outils qui aideront non seulement à détecter la maladie mais aussi d’autres virus.
Des experts en bio-informatique du Center for Algorithmic Biotechnology de l’Université d’État de Saint-Pétersbourg, et leurs collègues de l’Université de Californie à San Diego, ont dévoilé l’assembleur metaviralSPAdes. Il s’agit d’un nouveau collecteur qui permet de distinguer et d’assembler le génome viral parmi de nombreuses autres séquences. Cela aidera à déchiffrer les génomes des agents pathogènes plus rapidement et plus facilement. Ce qui permettra d’accélérer le développement de systèmes de test et de vaccins contre les infections dangereuses.
Un article scientifique à cet effet a été publié dans la revue Bioinformatics. Lorsque l’humanité est confrontée à un nouveau virus, la première chose que les biologistes font est d’essayer de déchiffrer son génome pour diagnostiquer la maladie et développer un vaccin. Cependant, si le séquençage doit être effectué lors de l’épidémie d’un nouveau pathogène, un problème se pose. Par exemple, la salive d’un patient atteint de Covid-19, qui a été utilisée pour le tout premier décodage du coronavirus SARS-CoV-2, contenait les génomes de nombreux autres virus, pour la plupart inoffensifs. Sans parler des centaines de bactéries vivant dans la bouche humaine et compliquant la recherche de séquences virales.
Jusqu’à récemment, les chercheurs n’avaient pas l’outil spécial pour collecter les métagénomes viraux. Mais, une équipe de scientifiques russes et américains de l’Université d’État de Saint-Pétersbourg et de l’Université de Californie à San Diego a développé un assembleur metaviralSPAdes. Ce qui facilite considérablement l’analyse des résultats du métavirome séquençage. Les biologistes sont toujours incapables de lire le génome entier de la même manière qu’on lit un livre: du début à la fin.
Il y a trois ans, la même équipe russo-américaine de scientifiques qui a créé SPAdes, a développé l’assembleur metaSPAdes, qui, à son tour, est devenu le principal assembleur métagénomique. Cela a facilité l’extraction de séquences virales à partir d’une énorme quantité de données, mais l’assembleur metaviralSPAdes de la nouvelle génération est capable non seulement de localiser des fragments de génomes viraux, mais aussi de les assembler en un «puzzle» prêt à l’emploi – le génome de l’agent pathogène.
La pandémie de Covid-19 est venue comme un signal d’alarme pour les biologistes qui étudient la transmission des virus de l’animal à l’homme. Elle a rappelé l’importance d’étudier différents porteurs de ce virus, tels que les chauves-souris, qui se vantent d’un système immunitaire naturel leur permettant de vivre avec de multiples agents pathogènes mortels pour l’homme.
Les chercheurs du Center for Algorithmic Biotechnology de l’Institut de biomédecine de Saint-Pétersbourg ont participé au développement du nouveau collecteur génomique. Plus tôt, des scientifiques du même centre ont aidé leurs collègues du Smorodintsev Research Institute of Influenza à déchiffrer, pour la première fois, le génome de la variante «russe» du virus du SRAS-CoV-2. Ce qui a conduit à la pandémie de Covid-19. Le 15 mars 2020, ils ont réussi à extraire l’ARN viral d’un échantillon prélevé sur un résident infecté de Saint-Pétersbourg. Récemment, une équipe internationale de scientifiques, dirigée par Pavel Pevzner, a mis au point une nouvelle méthode informatique de détection des cyclopeptides, une classe de substances qui comprend de nombreux antibiotiques bien connus.
En utilisant une méthode appelée CycloNovo, les scientifiques ont trouvé 79 nouveaux candidats potentiels pour le rôle de tueurs de bactéries.
Avec Afric.online