La deuxième conférence de réconciliation nationale sur le Tchad tenue à Kano du 3 au 11 avril 1979 dite « Kano II » a été un échec. Aucun accord n’a été trouvé entre les tendances rebelles qui y ont participé. Au retour à N’Djaména, les mêmes chefs rebelles s’entendent pour former un gouvernement d’union nationale de transition. Entretemps, les cadres du sud se sont déjà retranchés dans la partie méridionale.

Ce qu’on appelle le « Comité permanent » est une sorte de gouvernement provisoire du sud du pays. A l’époque le sud regroupait cinq préfectures à savoir le Logone Occidental (Moundou), Logone Oriental (Doba), Mayo Kebbi (Bongor), Moyen-Chari (Sarh) et la Tandjilé (Laï).

Il faut souligner que la cohabitation entre les fils du Tchad s’est détériorée avec les événements du 12 février 1979, occasionnant un repli identitaire et ethnique où certaines personnes ont simplement regagné des zones où se trouvent leurs parents ou communautés.

Mais tout s’accélère après l’échec de la deuxième conférence de Kano. A partir du 30 avril 1979, les représentants des cinq préfectures du Sud, réunis à Moundou, ont discuté entre eux pour évoquer la question de réconciliation nationale sans accepter de prendre part au gouvernement mis en place sous la présidence de Lol Mahamat Choua même si le vice-président est le général Négué Djogo qui refusa de regagner le sud du pays.

Le président Lol décide alors de mener une offensive contre le Comité permanent, mais se solde par un échec. « Les troupes du GUNT, battues à Pala le 31 mai, se réfugièrent au Cameroun où elles furent désarmées. Le 9 mai, les officiers des Forces armées tchadiennes (FAT), réunis à Moundou, décidèrent de se regrouper sous un commandement des forces unifiées et d’y intégrer les forces paramilitaires (police, Eaux et forêts). Le lieutenant-colonel Kamougué, qui avait présidé la réunion, était désigné comme commandant des forces unifiées Le 10 mai, enfin, était constitué, toujours à Moundou, le Comité permanent. Sous la présidence du lieutenant-colonel Kamougué, commandant des forces unifiées », écrivait Bernard Lanne.

Le Comité permanent est composé de dix membres, à raison de deux par préfecture. Les personnalités qui faisaient partie sont Naïmbaye Lossimian et Joseph Yodoyman représentants le Logone Occidental, Mbaïlemdana et Ngangbet pour le Logone Oriental, Djona Golo et Minandi pour le Mayo Kebbi, Madengar Bérémadji et Boukar Abdoul pour le compte du Moyen Chari. La Tandjilé est représentée par Kassiré et Ali Pamdégué. Certaines de ces personnalités ont été remplacées par d’autres.

Selon certains observateurs de la scène politique tchadienne de l’époque, les cadres du sud se sentent marginalisés dans la formation du gouvernement d’union nationale de transition où des postes sont occupés à majorité par les ressortissants des préfectures formant le grand nord du pays. Ainsi, la création du Comité permanent devrait répondre d’abord, à la nécessité de résistance, puis d’organisation administrative et politique des préfectures du sud le temps que la situation revienne à la normale. Aucune idée sécessionniste n’aurait été évoquée durant son existence, notent certaines sources. Par ailleurs, la création du Comité permanent résulterait en plus de la marginalisation du sud, de la non application des accords de Kano qui prévoyaient la démilitarisation de N’Djaména et la libération des prisonniers et otages.

« Le Sud n’est pas sécessionniste. Les hauts fonctionnaires qui composent le Comité n’ignorent pas les réalités et savent bien que la zone méridionale ne peut vivre seule, isolée au milieu du continent, alors qu’il est avéré que ses voisins n’accepteront jamais une sécession. Il y a plus : un sincère attachement à l’idée d’un Etat tchadien existe chez la quasi-totalité des Sudistes. Leur contribution au fonctionnement de cet Etat était capitale surtout au niveau le plus modeste.  Le Sud n’envisage pas et n’a jamais envisagé de vivre séparé du reste du pays », relevait l’écrivain Bernard Lanne.

Les actes du Comité permanent (signés par le colonel Kamougué et qui équivalent indifféremment à des lois ou à des décrets) continuent à porter en tête la mention « République du Tchad » avec la devise « Unité, travail, progrès ».

Après l’arrivée au pouvoir en juin 1982 des Forces armées du nord (Fan) dirigées par Hissène Habré, le pays est pacifié et une réconciliation a pu permettre à tous les cadres de participer à la gestion de la chose publique. Les anciens cadres du Comité permanent ont participé à différents gouvernements sous Habré.